Saya Nagasaki commence le violon à huit ans, au Japon. Elle poursuit ses études à l'université de musique de Toho-Gakuen, à Tokyo, puis en Suisse, à partir de 2009, à la Haute Ecole de Musique de Lausanne où elle étudie avec le Gyula Stuller. Elle se perfectionne auprès du violoniste Massimo Quarta au Conservatorio della Svizzera Italiana, à Lugano. En 2015, elle étudie avec Frédéric Kirsh à la Haute Ecole de Musique de Lausanne.

En 2017, elle devient membre de l’Orchestre Symphonique de Bienne et en 2019-2020 elle est membre de l’Orchestre de la Suisse Romande.

Saya Nagasaki intègre l'Orchestre national d'Île-de-France en tant qu'altiste en octobre 2021.